Más de 200 asentamientos arqueológicos inventariados en su término municipal atestiguan una intensa y continua ocupación humana de estas tierras desde el Paleolítico superior. Entre los restos arqueológicos destacan los de varios "oppida" (Cerro de la Celada, la Torre del Moro o el Cortijo de la Muela), con una estrecha relación visual entre ellos, a través de torres, referentes fundamentales de la forma de controlar un territorio "caminos, vados y valles fluviales" durante época ibérica.

    Los orígenes del núcleo urbano de Alcaudete se remontan a época romana, en la que según las fuentes epigráficas se adscribe a Sosotigi, municipio flavio.

    Por su abundancia de agua y manantiales los árabes la nombraron al-Qabdaq, ciudad de los manantiales. Fueron ellos los que levantaron la imponente fortaleza que alcanzó fama de inaccesible en el periodo califal. Este alcázar fue centro de protección de una medina comerciante muy activa, estaba ubicado en una importante red viaria y comercial y fue militarmente codiciado tanto por musulmanes como por cristianos.

    Desde la primera conquista cristiana en 1085 por Alfonso VI, en los siglos siguientes cambió varias veces de manos entre castellanos y andalusíes. Incluso después de la batalla de las Navas de Tolosa y el avance de Fernando III no cesaron los trueques: el rey Santo la cedió al rey moro de Baeza, luego a la Orden de Calatrava, volvió en periodos intermitentes a estar en manos de los nazaríes, hasta que Alfonso XI la conquistó definitivamente en 1340.

    A finales del siglo XIV, instalada la dinastía de los Trastámara, la villa se enajenó a la corona y pasó a merced de un particular como señorío: una de las ramas de los Fernández de Córdoba, la de Montemayor. En el siglo XV Alcaudete se transformó en plataforma y enclave de las tropas. Al terminar la guerra de Granada, en la primera mitad del XVI, la vida de la villa cambia y se le concede el título de conde al sexto señor de la villa. Es la época de mayor esplendor, auspiciada por la prosperidad económica en el cultivo de cereales y la ganadería, a lo que se sumaba el ser paso obligado en el camino entre el reino de Granada y Castilla. Numerosas construcciones, iglesias, conventos y ermitas, transformarán y marcarán su actual fisonomía. En esta época los Condes de Alcaudete ocupan altos puestos en el gobierno (virreyes, capitanes generales, etc.). A finales del siglo XVII se inicia un periodo de decadencia, acentuada por el absentismo de sus condes y el final de la línea masculina de los mismos, que no se habría de superar hasta finales del siglo siguiente.

    El siglo XIX está marcado por la agitación social y política de sus vecinos: sublevación del pueblo contra los franceses, la batalla entre carlistas e isabelinos en sus calles, la desamortización de bienes de propios y eclesiásticos, y por el grupo de reformistas de la Real Sociedad Económica de Amigos del País, palanca de tertulias políticas y amotinamientos.