En el Castillo existen tres aljibes: el Aljibe Mayor, junto a las caballerizas, y que en otro periodo de tiempo concretamente en la invasión francesa, sirvió también como polvorín; el aljibe de la Torre del Homenaje, situado en su planta baja y que servía como despensa; y el Aljibe del Cuerpo de Guardia, que ocupa su sótano. En el mismo recinto existe, perteneciente a época almohade, un cuarto aljibe del que se conservan los restos justo debajo de la subida a la Torre del Homenaje.
El Aljibe de la puerta principal ocupa la planta inferior de un edificio que aprovecha la caída de la roca sobre la muralla, configurando un espacio semienterrado o sótano. De planta cuadrada, está cubierto por una bóveda vaída de ladrillo. Al interior se accedía a través de una puerta situada en un lateral, construido con arco de medio punto rebajado. Esta estructura, más que un aljibe, se puede considerar como una balsa cubierta, ya que su capacidad de almacenaje era desde el umbral de la puerta hacia abajo (1 metro de profundidad). Se abastecía de agua de lluvia, que se recogía en la terraza del cuerpo de guardia (2ª planta), que era conducida hacia su interior a través de una conducción o tubería de atanores. En los años de sequía, la única posibilidad de poder almacenar agua en la fortaleza era transportar mediante carros, en toneles o ánforas, hasta las inmediaciones del aljibe donde existe un embarcadero donde descargar los recipientes con el preciado líquido.
El Aljibe mayor se localiza en las inmediaciones de las caballerizas. Está excavado en la roca, y sus paredes recubiertas con muros de mampostería enlucida con un mortero muy rico en cal, que evitan la filtración del agua, y pintado con pintura de almagra. Tiene planta rectangular cubierta con una bóveda de cañón de ladrillo. El acceso a su interior se hacía a través de un pequeño pozo abierto en la bóveda, en uno de sus extremos. El sistema de captación de agua consistía en recoger el agua de lluvia que caía sobre la cubierta de la sala capitular, y conducirla a través de atanores hasta unas profundas arquetas de decantación, donde el agua, por rebosadero, penetraba limpia en la cisterna.
