Tras la ocupación musulmana, el municipio de Alcaudete será conocido con el nombre de Hisn al-Qabdaq. Así es nombrado por las fuentes islámicas, cuando hacen referencia a las expediciones guerreras de Ibn Hafsun (rebelde muladí), que se subleva contra el poder de los Omeyas, (finales del siglo IX, principios del siglo X). Pertenecía a la Cora de Ilbira (Granada) y dependía de Qal`al Yahsub, formando parte de su estructura defensiva junto a otros castillos y atalayas distribuidas por el territorio.
Las defensas actuales se erigieron durante la dominación almohade, levantándose entorno al núcleo de la población una cerca o muralla construida con tapial de tierra defendida por torreones; mientras que en la cumbre del cerro se edifica un alcázar adaptado a la orografía del terreno, aprovechando incluso algunos escarpes naturales como elementos defensivos. Este nuevo alcázar presenta planta poligonal y sus lienzos son defendidos por torres cuadradas y bestorres o baluartes, levantadas en los ángulos o fuertes quiebros de los muros.
El acceso al alcázar se realizaba a través de dos puertas ingresando a un espacio abierto donde se situarían el aljibe y las áreas de residencia de las tropas.
A mediados del siglo XIII y a lo largo del XIV, Alcaudete se convierte en un enclave de una importancia estratégica extrema, siendo el más sobresaliente dentro de la frontera con el reino Nazarí de Granada. Baluarte destacado como punto de partida y abastecimiento de tropas que van a participar en incursiones a territorio musulmán, y lugar de recepción de los ejércitos que vienen de actuar en diferentes algaradas y necesitan resguardo y aposento. Este factor estratégico y enclave privilegiado, lo confirman como el punto más avanzado de las posesiones cristianas dentro de la frontera, convertiéndose en una plaza muy apetecida por ambos bandos, hasta que la frontera se traslada a territorios más cercanos a la ciudad de Granada.
Todo ello obliga a los calatravos a reorganizar las defensas islámicas, adaptándolas, no solo a su forma de vida, no olvidemos que son monjes-guerreros que necesitan espacios destinados a cubrir las necesidades espirituales ("vida conventual"); sino que tienen que potenciar el carácter defensivo de la plaza, adecuándola a las nuevas estrategias de combate, como la incipiente artillería, y hacerla lo más inexpugnable e inaccesible posible.
En el interior del alcázar islámico se levantó una fortaleza de nueva planta, más acorde con las necesidades defensivas de sus nuevos pobladores (los freires calatravos). Para ello se erigen diferentes estancias donde poder desarrollar esta doble vida de monjes-guerreros: la conventual (sala capitular, oratorio, claustro, etc.), y la militar (plaza de armas, pasillo-foso, cuerpo de guardia, caballerizas, aljibes, etc.); y por supuesto, su magnífica torre del Homenaje, donde se situaría la residencia del Comendador.
La toma definitiva de la villa y su castillo, en 1312, por el Infante D. Alfonso, tras casi tres meses de asedio, provoca el paso definitivo a formar parte de las tierras de realengo, lo que demuestra su importancia estratégica dentro de la frontera, viéndose inmersa en multitud de acciones contra los nazaríes. En 1380 será adscrita al señorío de los Fernández de Córdoba y Montemayor, los cuales otorgan a la fortaleza aires residenciales, llevando a cabo en su interior multitud de obras tendentes a modificar poco a poco su función militar por la residencial. Todos estos cambios afectan a muchas zonas, abarcando desde los accesos a la fortaleza, hasta las reformas en su interior, incluyendo las dependencias medievales.
Este cambio de funcionalidad provoca la ocupación exhaustiva de muchos espacios, edificándose numerosas estancias, que ocupan tanto la terraza superior o central del castilllo, como toda el área próxima a las caballerizas y aljibe principal, existiendo una clara diferencia entre los espacios que se destinan a residencia, como pueden ser todos los que circundan la torre del Homenaje y sala capitular; y los dedicados a áreas de servicio, como son los situados en el extremo Noroeste del castillo, en las proximidades de la puerta principal, cuerpo de guardia y plaza de armas; y los de la zona sureste, identificados como cocinas.